情報化学・計算化学実験FAQ

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(以下の記述で (Enter)はキーボードのEnterキーを押すことを示します.

T.テキストの訂正

  1. 計算化学実験の基礎 14ページ,原子単位系の説明

    ζ=1 (プランクの定数を2πで割ったもの) →  = 1 (ジータではない)

  2. 実験3 表3−2
    Na+のエネルギーを載せていますが,数値はLi+のものが記載されています.各自計算しなおしてください.

  3. 実験6 79ページ,表6-1
     振動子強度の数値が間違っています.正しい表は以下のようです.

    炭素数 ΔE(nm,計算値) 振動子強度 ΔE(nm,実測値)    ε   
    2 146.29 0.3513 162.0 149.15
    4 205.19 0.6556 216.5 205.18
    6 254.57 1.0431 266.0 254.57
    8 299.59 1.4499 304.0 299.59
    10 289.68 1.8591 334.0 341.65

  4. 実験9 101ページ (7)
     テキストにはPM3計算の設定となっていますが,その計算を行うとエラーが出るときがあります.エラーが出たときには,以下の図に示すように,RHF/3-21Gレベルの計算を行ってください.


U.Gaussian03の入力について

  1. 金属錯体などの重金属を含む系の場合,金属と有機配位子で,基底関数を変えて行うと書かれているものが,ありますが,具体的には,どのように行えばよいのでしょうか?

    (解答)基底関数を読み込ませるために"gen"キーワード、ECPを読み込ませるために"pseudo=read"をキーワードに付け加えます。B3LYP法を用いて計算するときに、遷移金属のECPと既定関数はLANL2DZ、その他の原子は6-31G*を用いる入力は、次のようになります。

    # opt b3lyp/gen pseudo=read

    Title Card Required

    2 1
    Ru -0.01084049 0.04143558 -0.10840184
    C 2.51815951 0.61643558 -1.18740184
    C 3.64915951 1.33043558 -1.74740184
    C 4.96015951 0.68243558 -1.69540184

     途中略

    H 0.32215951 -0.02056442 -3.31440184
    H -2.61384049 0.78743558 -1.85840184
    H 2.42915951 0.06143558 2.01059816
    H -0.01684049 2.84543558 -1.70340184

    Ru 0
    lanl2dz
    ****
    H C N 0
    6-31+g(d)
    ****

    Ru 0
    lanl2dz




V.プログラムのインストール関係

  1. TS_SearchをLinuxで動かすには,どのような設定を行えばよいでしょうか?
    1. Windows上でrunts.lzhを解凍する..
    2. FFFTP等ソフトを使って解凍されたフォルダ(ts)を,Linuxマシンに送る.
    3. Linuxマシンにloginし,ターミナルを立ち上げる.
    4. cd ts(Enter)
    5. runts(enter)
    6. これで,画面上にTS_Searchのウインドーが現れる.
  2. 1.の設定をしましたが,TS_Searchのウインドーが現れません.

     LinuxマシンにはJAVAのインストールが必要です.java(Enter)のコマンドを実行させてください.以下のようなメッセージが現れなければJAVAがインストールされていません.マシンの管理者にお願いして,JAVAをインストールしてもらってから,再度実行してください.

    java(Enter)
    Usage: java [-options] class [args...]
    (to execute a class)
    or java [-options] -jar jarfile [args...]
    (to execute a jar file)

    以下省略
  3. Q. JmolをLinuxで動かすには,どのような設定を行えばよいでしょうか?
    1. Windows上でjmol.lzhを解凍する..
    2. FFFTP等ソフトを使って解凍されたフォルダ(ts)を,Linuxマシンに送る.
    3. Linuxマシンにloginし,ターミナルを立ち上げる.
    4. cd jmol(Enter)
    5. jmol(enter)
    6. これで,画面上にJmolのウインドーが現れる.

  4. Q. TS_Searchプログラムを用いた-------(ページ94)
    (1)「ShellのウインドウでruntsによりTS_Searchプログラムを立ち上げる.」とありますが、具体的にどうするのか分かりません。ShellのウインドウとはGaussianのプログラムのことでしょうか。

    A. Windowsで実行するときは,ダウンロードして現れるrunts.bat(,batは設定によっては見えない)をダブルクリックしてください.

  5. Q. runtsをクリックすると、一瞬背景が黒いテキスト画面が現れるのですが、すぐに消えてしまいます。

    A. この症状に関しては,二通りのことが考えられます.
    (1) JAVAがインストールされていない.これを確かめるには,アクセサリ−コマンドプロンプトでコマンドプロンプトのがめんを出してください.次に,画面内でjava(リターン)とすると,正しくインストールされているかどうかが分かります.

    (2) runts.batとTSフォルダを正しい場所においていない.
     解凍したファイルをすべてCドライブに移したでしょうか?runts.batはファイルがc:\tsのフォルダにあることを前提に書いています.解凍した直後は,解凍先に指定されている場所のTSフォルダにプログラムがあります.TSフォルダの内容をすべてCドライブに移動させてください.

  6. Menshutkin反応の遷移状態の探索を行ったのですが、途中から先へ進めませんでした。現在のこちらのシステムは、WindowsXP, GuaussianW03, GaussView03です.
    1.94 pageの(6)でreacで分子を保存するとreac.comではなくreac.gifのファイル名になる。ファイル名にreac.comとタイプするとreac.com で保存される。
    2.TS_Searchを立ち上げた後、(2)でreact.gif(又は、reac.com)を読み込む。Make Inputをクリックしても テキストにあるような分子モデルが現れてきません。
    一応、先に進んで、Run98をクリックすると このボタンはUNIXにだけ有効とのメッセージが現れる。ダウンロードしたTS_Searchが異なるのでしょうか。


    Q.(1)Windows版のGaussViewを用いているので,保存はgjf(gifではない!!)の名
    前で保存されます.
    (2) Runtsを立ち上げたときに現れるコマンドコマンドプロンプトの画面を見てください.エラーが出ていませんか?この場合には,インプットファイルに何か間違いがあります.
    (3) 作成したファイルを秀丸やnotepadでみてください.最初に%で始まる行があればそれをすべて消去してください.
    (4) 「Write Cartesians」をチェックして保存しましたか?Z-matrixで保存された場合は,正しく動作しません.ただしただし,コメント行の最初にZMATと記述すれば,Z-matrixも読み込むことが可能です.